北京
当然有明显的区别。
首先要搞懂副巡视员和二级巡视员的发展脉络。副巡视员是我们早期在体制内开展综合类公务员非领导职务设置的主要体现，而二级巡视员则是职务与职级并行制度的主要体现。
在2019年，《公务员职务与职级并行规定》正式印发并执行。与之而来的是两个办法的废止，一个是《综合管理类公务员非领导职务设置管理办法》，这是2006年公务员法实施方案附件四的内容。另外一个是2015年的《关于县以下机关建立公务员职务与职级并行制度的意见》，这个文件主要考虑的是调整基层公务员经济待遇，从待遇由职务决定转向主要由职级决定。
2019年的职级并行，涵盖了两者所涉及的主要领域，同时又有大幅度地调整。
现在我们讨论起副巡视员和二级巡视员的区别，往往是一个历史与现在的纵向比较，也有一些套改后的和从一级调研员提拔而来的二级巡视员的横向比较，但随着时间发展，套改后的人员越来越少，这种横向比较中又掺杂着纵向的历史原因，就没有过强的意义了。
我们现在来讨论，其实最主要的一个区别是数量区别。2019年之前，《综合管理类公务员非领导职务设置管理办法》规定zy机关的巡视员和副巡视员职数，不得超过该机关厅局级领导职务职数的三分之一，其中巡视员不得超过巡视员和副巡视员职数的40%。也就是说，副巡视员的职数，最多是该机关厅局级领导职数的20%。而在2019年之后，《公务员职务与职级并行规定》，没有再对这一层次进行要求。新规中，分母变成了机关综合类职位的数量。即zy机关一级、二级巡视员不超过机关综合管理类职位数量的12%，而一级巡视员不超过一级、二级巡视员总数的40%（副部级单位比例减半），也就是说，此时二级巡视员的职数，最多是该机关综合管理类职位的7.2%。看着从20%到7.2%，但是因为分母不同，这一比较就有意思了。
以科技部为例。2008年初次三定时，科学技术部机关行政编制为258名，其中司局级领导职数45名。以此时而论，副巡视员的数量不超过9名。到了2018年三定时，科技部的机关行政编制364名，司局级领导职数67名。以此时而论，二级巡视员的数量则不超过26名。
从数量倒推比例，我们可以看到，副巡视员的比例在初次三定时为不超过3.49%，二级巡视员在18年新三定时为不超过7.2%。数量上无疑是增加的。
规定给了更多人机会，但同样带来的压力也很大。如果按照萧规曹随，那么副巡视员享受的政治待遇和生活待遇，二级巡视员同样保留的话，带来的也是相当一部分的财政压力等等。所谓“足国之道，节用裕民”，调整后，依然采用了惯例操作，即“老人老办法、新人新办法”。套改前是副巡视员，依然享受着政治待遇和生活待遇。而新提拔的新二级巡视员，则只享受生活待遇。
由此，实现了平稳过渡，皆大欢喜。
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