海南
第二天大家告别卡露乃继续旅程，途中小智先是收服了一只号称为森林冠军的摔角鹰人，再是参加了一次空中挑战赛让小箭雀进化成为火箭雀。随后他们经过一路的磨炼总算来到了娑罗道馆进行挑战，馆主名为科尔尼，众人还帮助她和路卡利欧完成了mega进化。
很快比试开始前几轮对决双方各有胜负，其中小智的摔角鹰人击败了功夫鼬，火箭雀则是战胜了豪力，不过它们都败给了科尔尼的mega路卡利欧。
面对这样强大的对手小智选择用皮卡丘上阵迎敌，只见双方爆发了激烈的交锋，电气与能量彼此冲撞，数十个回合的苦战之后赛场已是烟雾迷茫，但是战斗仍旧没有结束，小智和科尔尼依然斗志高昂。就此皮卡丘击败了mega路卡利欧，小智成功取得第三枚徽章战斗徽章。
接着又是一番旅途，大家结识了一位忍者朋友三普，对方正在执行上忍布置的送信任务，可是有一位忍者却带着龟足巨铠想要抢夺书信，这只龟足巨铠异常强大，一个照面三普立刻陷入险境。
为了帮助好友小智指挥呱呱泡蛙迎战龟足巨铠，但是无论是甲贺忍蛙、皮卡丘还是呱呱泡蛙都无法战胜龟足巨铠，而神秘忍者更是下令龟足巨铠痛下杀手，就这样呱呱泡蛙进化为呱头蛙，靠着一招居合斩龟足巨铠和神秘忍者被成功击败。
其实神秘忍者就是三普的上忍，此行的目的也是为了对三普进行忍者的试炼。在此之后先前的乌贼王再次展开行动，原来它隶属于一个神秘组织并且有着众多的同伙，这次它们抢夺了科学家的能量仪器想要以此重塑世界，见状小智等人和君莎小姐都想要阻止对方，然而依靠催眠术乌贼王轻松制服了众人。
危难之际小次郎的栗乌贼召集了无数乌贼同伴进行反击，团结产生的力量击退了神秘组织的乌贼王，随即本次的能量危机总算解除，另一边小智遇到了一只弱小自卑的黏黏宝，在他和皮卡丘的鼓励下黏黏宝恢复自信主动加入小智团队。
接着大家来到了第四座海翼道馆进行挑战，战斗中火箭雀轻松战胜了毽子棉，不过馆主的口呆花却先后击败了火箭雀和摔角鹰人。好在小智的呱头蛙力挽狂润，先是逆属性地战胜了口呆花，再是看穿了坐骑山羊的招式并用水之波动击溃对手，借此小智成功得到第四枚徽章植物徽章。
在离开了海翼道馆后小智还与莎莉娜进行了首次约会，两人在誓约之树下互赠礼物场面温馨感人。第二天受到鼓励的莎莉娜首次参加了三冠卫星表演赛，虽然这次比赛莎莉娜表演失误惨遭淘汰，但是她会带着小智赠予的缎带向着更高的目标迈进。之后众人继续上路。
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