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Cell Metab|瞄准MASH膜鞘脂代谢新靶点:SMPD3驱动脂质摄取与炎症纤维化,双功能分子DC17显示干预潜力!(谢岑/刘雅萌/柳红/谢青团队)

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2025年2月26日,中国科学院上海药物研究所谢岑刘雅萌柳红团队,联合上海交通大学医学院附属瑞金医院谢青团队,并与上海中医药大学附属龙华医院、临港实验室、上海交通大学医学院附属新华医院、上海科技大学、南京中医药大学、美国国家癌症研究所等单位合作,在Cell Metabolism中科院1区,2024 Impact Factor=30.9)在线发表题为“Hepatic sphingomyelin phosphodiesterase 3 promotes steatohepatitis by disrupting membrane sphingolipid metabolism”的研究论文。该文于2024年7月15日投稿,2024年12月16日修回,2025年1月17日接收,2025年2月26日在线发表,并发表于2025年5月6日刊期。


代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)是代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)进展中的关键阶段,其特征包括肝细胞脂肪变性、气球样变、炎症和纤维化。目前,如何从单纯脂肪变性进展到MASH,尤其是哪些脂毒性分子真正驱动炎症和纤维化,仍是该领域的重要科学问题。

该研究聚焦肝脏膜鞘脂代谢,发现鞘磷脂磷酸二酯酶3(SMPD3)介导的细胞膜鞘磷脂水解,是MASH阶段神经酰胺积累的重要来源。研究显示,肝细胞特异性敲除Smpd3或药理学抑制SMPD3均可缓解MASH,而重新表达SMPD3则会逆转保护作用,提示SMPD3并非单纯的伴随性改变,而是推动疾病进展的关键节点。

机制上,脂毒性可诱导DNA损伤,激活PARP并消耗NAD+,继而抑制沉默信息调节因子1(SIRT1)活性,最终导致SMPD3转录上调。升高的SMPD3破坏质膜上鞘磷脂-神经酰胺平衡,一方面增强小窝依赖性脂质摄取,促进肝细胞脂质积累;另一方面促进脂肪变性肝细胞释放携带促炎、促纤维化信号的胞外囊泡,加重巨噬细胞炎症极化和肝星状细胞活化。

更值得关注的是,研究者进一步发现双功能分子DC17,可同时激活SIRT1并抑制SMPD3。在饮食诱导的MASH模型中,DC17较单一SIRT1激活剂或SMPD3抑制剂显示出更优的干预效果。该研究不仅提出了“脂毒性-DNA损伤-PARP-SIRT1-SMPD3”这一新的MASH病理轴,也提示靶向肝脏SMPD3、恢复膜鞘脂代谢稳态,可能成为进展期MASH治疗的新方向。

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摘要

代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)仍然是重要的健康挑战。本研究发现,鞘磷脂磷酸二酯酶3(SMPD3)可通过增强细胞膜上的鞘磷脂水解,促进肝脏神经酰胺积累,是推动MASH进展的关键因素。

在肝细胞中特异性破坏 Smpd3 基因,或通过药物抑制 SMPD3,均可缓解MASH;而重新引入 SMPD3 则会逆转这种改善作用。健康肝脏中 SMPD3 表达水平较低,但在MASH过程中,脂毒性诱导的DNA损伤会抑制沉默信息调节因子1(SIRT1),进而触发 SMPD3 上调。SMPD3升高会破坏膜上鞘磷脂与神经酰胺之间的平衡,并通过增强小窝依赖性脂质摄取,以及促进脂肪变性肝细胞释放胞外囊泡,加重炎症和纤维化,从而推动疾病进展。

因此,SMPD3可作为整合MASH多个关键病理特征的中心节点。值得注意的是,研究者还发现了一种双功能小分子,可同时激活SIRT1并抑制SMPD3,在MASH治疗中显示出较好的潜在应用价值。上述发现提示,抑制肝脏SMPD3有助于恢复膜鞘脂代谢平衡,并为开发新的MASH治疗策略提供了重要依据。


01

研究背景及科学问题

代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD),既往被称为非酒精性脂肪性肝病(NAFLD),是导致肝硬化、肝癌和肝移植的重要原因之一,影响全球约四分之一成年人。代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)的典型病理特征包括脂肪变性、肝细胞气球样变、炎症和纤维化。MASH是疾病进入需要积极干预阶段的重要节点,但目前有效治疗手段仍然有限。

从单纯脂肪变性进展为MASH的关键驱动因素之一是脂毒性。脂毒性可引发细胞应激、肝损伤、炎症反应和纤维生成。然而,究竟哪些脂毒性分子在其中发挥核心作用,以及这些分子如何触发下游病理事件,目前仍未完全明确。

鞘脂在细胞膜结构和细胞功能调控中具有多重作用。肝脏是鞘脂合成的重要部位,因此也更容易受到脂毒性鞘脂的影响。鞘脂代谢失衡与MASLD发生发展密切相关,其中神经酰胺被认为是脂毒性的重要参与者。神经酰胺处于鞘脂代谢网络的核心,主要通过两条途径产生:一是从头合成,涉及SPTLCs、CERSs和DEGSs等酶;二是鞘磷脂水解。关于从头合成途径在肥胖、糖尿病和MASLD中的作用,已有较多研究。神经酰胺形成后还能进一步转化为鞘磷脂,因此理论上MASLD中鞘磷脂也应明显增加。值得注意的是,MASLD患者常表现为神经酰胺水平升高,而鞘磷脂变化相对较小,这提示鞘磷脂水解可能在MASLD进展中具有重要但尚未充分研究的作用。

鞘磷脂磷酸二酯酶(SMPDs)可在多种刺激下,切除膜结合鞘磷脂中的磷酸胆碱基团,快速生成神经酰胺。根据最适pH以及在不同细胞器、细胞和组织中的分布,SMPDs可分为酸性、中性和碱性家族。对多个MASLD数据集的分析显示,SMPD3,也称中性鞘磷脂酶2(nSMase2),在MASLD肝脏中显著升高。SMPD3主要定位于质膜(PM)内侧小叶和高尔基体,并参与细胞凋亡、应激反应、炎症信号转导以及胞外囊泡(EV)介导的细胞间通讯。由于这些过程与MASLD尤其是MASH的发生机制密切相关,本研究进一步探讨了SMPD3及鞘磷脂水解途径在MASLD/MASH进展中的作用。

本研究发现,MASH患者血清神经酰胺升高主要来源于SMPD3介导的鞘磷脂水解,而非从头合成途径。尽管健康人肝脏中SMPD3表达很低,但在脂肪变性向MASH进展过程中,脂毒性可触发SIRT1依赖的SMPD3上调,尤其是在质膜部位。这一变化进一步增强小窝依赖性脂质摄取,并促进促炎、促纤维化胞外囊泡释放。肝脏Smpd3基因破坏或SMPD3抑制可显著改善MASH。研究者还发现了DC17这一可同时激活SIRT1并抑制SMPD3的双功能分子,其在MASH模型中显示出明显治疗潜力。总体而言,本研究揭示了质膜鞘磷脂-神经酰胺失衡是MASH的特征性代谢改变,并提示SMPD3可能成为有前景的治疗靶点。

02

重要发现及亮点

MASH阶段肝脏鞘磷脂水解与SMPD3表达升高

研究者首先分析了87名受试者的鞘脂谱,包括健康对照者、经肝活检确认的代谢功能障碍相关单纯脂肪变性(MASL)患者和MASH患者。结果显示,血清神经酰胺和二氢神经酰胺在MASL和MASH阶段均明显升高,其中神经酰胺在MASH阶段进一步增加。鞘磷脂也有升高,但其积累程度不及神经酰胺。

为了判断神经酰胺积累主要来自从头合成还是鞘磷脂水解,研究者进一步检测了神经酰胺/二氢神经酰胺(Cer/DhCer)比值和神经酰胺/鞘磷脂(Cer/SM)比值。结果显示,Cer/SM比值随血清神经酰胺水平升高而显著增加,尤其在MASH阶段更明显;相反,Cer/DhCer比值下降。进一步分析发现,神经酰胺和Cer/SM比值与疾病严重程度指标呈正相关,包括NAFLD活动评分(NAS)、血清甘油三酯(TG)、丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)、胰岛素和稳态模型胰岛素抵抗指数(HOMA-IR)。而鞘磷脂本身以及Cer/DhCer比值并未显示出同样的相关性。

在另一个包含168名受试者的验证队列中,研究者也观察到血清神经酰胺和Cer/SM比值在MASLD中升高,并与血清TG、ALT和AST呈正相关。这些结果提示,在MASLD进展过程中,鞘磷脂水解增强可能是导致神经酰胺积累的重要代谢改变。

为了寻找驱动这一变化的具体酶,研究者分析了多个人类MASLD数据集中鞘脂代谢酶的mRNA表达谱。虽然编码鞘磷脂酶的多个基因在MASH进展中有所上调,但SMPD3在MASLD不同阶段均呈持续升高,并与疾病严重程度呈正相关。相比之下,参与神经酰胺从头合成的酶并未表现出一致变化。MASLD患者肝组织切片进一步证实,健康肝脏中SMPD3蛋白表达较低,而从健康对照到MASH阶段,SMPD3表达逐渐升高。

在胆碱缺乏高脂饮食(CD-HFD)诱导的MASH小鼠肝脏中,研究者也观察到类似趋势:Cer/SM比值升高比Cer/DhCer比值变化更明显,同时SMPD3表达上调,而SPTLC2未发生明显变化。在Gubra-amylin MASH饮食(GAN)模型和高脂蛋氨酸/胆碱缺乏饮食(HFMCD)模型中,结果同样一致。MASH阶段的Cer/SM比值高于MASL阶段,且SMPD3上调与MASLD进展同步。值得注意的是,与胞质组分相比,质膜组分中SMPD3表达增强更明显,Cer/SM比值升高也更突出,进一步支持MASH过程中肝脏特定膜结构发生鞘磷脂-神经酰胺失衡。

总体来看,虽然神经酰胺从头合成途径在MASLD不同阶段均有活性,但本研究揭示出一个更具有MASH阶段特征的代谢信号:SMPD3介导的鞘磷脂水解明显增强,尤其发生在质膜结构中,并将MASLD进展与鞘脂代谢紊乱联系起来。


图1:MASH阶段肝脏中SMPD3介导的鞘磷脂-神经酰胺代谢被激活。(A)临床队列1的分组。(B)血清鞘脂热图。(C)血清Cer/DhCer和Cer/SM比值。(D)Cer/DhCer和Cer/SM比值与临床指标之间的相关性。(E)临床队列2的分组、血清神经酰胺、Cer/SM比值,以及神经酰胺与临床指标之间的相关性。(F)GEO数据集中SMPD3表达与临床指标之间的相关性。(G)肝活检样本中SMPD3代表性染色及定量分析;比例尺,50 μm。(H)MASLD小鼠模型示意图。(I)肝脏SMPD3表达的免疫印迹结果,n = 3/组。(J和K)肝脏样本膜组分(J)和胞质组分(K)中SMPD3免疫印迹,以及神经酰胺、SM和Cer/SM比值丰度分析,n = 5–10/组。数据以均值 ± SEM表示。两组之间采用非配对Student’s t检验;多组之间采用单因素方差分析。*p < 0.05,**p < 0.01,***p < 0.001。另见图S1。

肝细胞SMPD3缺失缓解MASH,而重新表达SMPD3会逆转保护作用

考虑到肝脏微环境由肝细胞和非实质细胞(NPCs)共同组成,研究者利用MASLD患者单核测序数据分析SMPD3表达来源。结果显示,SMPD3主要表达于肝细胞和胆管细胞。由于肝细胞在肝脏中占比高,可能对肝脏总体SMPD3表达水平贡献更大。值得注意的是,随着MASLD进展,肝细胞中SMPD3表达逐步升高,而胆管细胞中的表达相对稳定。

基于这一结果,研究者构建了肝细胞特异性SMPD3敲除小鼠(HKO)。与对照Smpd3fl/fl(FLOX)小鼠相比,HKO小鼠肝脏和血清中的神经酰胺水平及Cer/SM比值明显下降。在低脂饮食(LFD)条件下,由于SMPD3本身在肝脏中表达较低,SMPD3缺失并未影响小鼠基础代谢特征和肝功能,表现为不同基因型小鼠肝重、ALT、AST、肝脏TG、总胆固醇(TC)和羟脯氨酸(HYP,纤维化标志物)水平相近。

然而,当小鼠接受可诱导MASH的GAN饮食后,HKO小鼠较FLOX对照小鼠表现出明显更轻的疾病表型,提示其对MASH发生具有抵抗作用。尽管低脂饮食下HKO小鼠非酯化脂肪酸(NEFA)水平高于FLOX小鼠,但这些水平仍远低于GAN饮食小鼠;在GAN饮食条件下,不同基因型之间NEFA无明显差异。考虑到衰老会增加人群MASH风险,研究者还让老年小鼠接受GAN饮食,以模拟人类疾病进展。结果显示,老年HKO小鼠同样表现出较轻的MASH症状,并且肝脏中细胞衰老标志物p16和p21表达较低。HFMCD饮食模型中也观察到类似保护作用,提示SMPD3在MASH中的作用并不局限于肥胖相关背景。

进一步地,研究者通过AAV-Smpd3注射建立肝细胞特异性Smpd3过表达模型。出乎意料的是,尽管强制过表达SMPD3可增加肝脏神经酰胺和Cer/SM比值,但并未显著加重MASH病理。这可能提示在特定质膜区域存在“饱和效应”,即SMPD3结合位点有限。为了支持这一可能性,研究者在HKO小鼠中重新引入SMPD3,结果发现其完全逆转了SMPD3缺失带来的保护作用,使MASH严重程度接近FLOX小鼠。即便重新引入SMPD3组的神经酰胺和Cer/SM比值高于FLOX组,其疾病严重程度仍与FLOX相当。为了判断SMPD3的水解活性是否必要,研究者又在HKO小鼠中重新引入失活型SMPD3突变体(D428A,K433A)。与野生型SMPD3不同,该突变体明显削弱了逆转保护作用的能力。

这些结果说明,肝细胞特异性SMPD3缺失可在多个小鼠模型中改善MASH;而重新表达SMPD3则通过质膜鞘磷脂水解加重疾病进展。

为了将小鼠结果与人类MASH联系起来,研究者比较了小鼠模型中的基因表达模式与人类MASLD严重程度特征基因。该特征基因可反映从健康状态、相对良性阶段(MASL和F0-F1)到纤维化/肝硬化阶段(F2-F4)的疾病进展。层次聚类显示,GAN饮食和HFMCD饮食下的FLOX小鼠均与人类纤维化样本(F2-F3)聚类,而GAN饮食下HKO小鼠更接近较轻的人类疾病阶段(MASL/F0-F1),HFMCD饮食下HKO小鼠则接近F2阶段。这提示SMPD3缺失可使疾病表达谱向较早阶段转变。


图2:肝脏SMPD3缺失可保护小鼠免于MASH进展,而在敲除小鼠中重新表达SMPD3会加重疾病。(A)实验示意图,n = 5–7/组。(B)肝脏重量。(C)血清ALT、AST、TG和NEFA。(D)肝脏TG、NEFA、TC和HYP。(E)肝组织切片代表性H&E、油红O和天狼星红染色,以及NAS评分;比例尺,100 μm。(F)实验示意图,n = 5–8/组。(G)肝脏Cer/SM比值。(H)肝脏重量。(I)血清ALT、AST、TG和NEFA。(J)肝脏TG、NEFA、TC和HYP。(K)肝组织切片代表性H&E组织学、油红O和天狼星红染色,以及NAS评分;比例尺,100 μm。(L)实验示意图,n = 5–8/组。(M)肝脏Cer/SM比值。(N)血清ALT、AST和TG。(O)肝脏TG、TC和HYP。(P)肝组织切片代表性H&E组织学、油红O和天狼星红染色,以及NAS评分;比例尺,100 μm。数据以均值 ± SEM表示。两组之间采用非配对Student’s t检验;多组之间采用单因素方差分析。*p < 0.05,**p < 0.01,***p < 0.001。另见图S2和图S3。

SMPD3缺失限制MASH发展过程中的肝细胞脂质摄取

为了进一步解释肝细胞特异性SMPD3敲除如何改善MASH,研究者对GAN和HFMCD两种模型的肝脏RNA测序数据进行了通路富集分析。基因本体(GO)分析显示,SMPD3缺失小鼠肝脏中的脂质和固醇代谢过程增强,而炎症和纤维化相关通路下降。基因集富集分析(GSEA)进一步证实,与FLOX对照相比,HKO小鼠的脂质储存、炎症和细胞外基质组织相关通路降低。

随后,研究者检测SMPD3如何影响细胞内脂质含量。结果显示,在基础条件下,SMPD3敲低或缺失影响较小;但在脂肪酸刺激下,SMPD3缺失可显著减少脂质积累,而SMPD3过表达则产生相反效果。值得注意的是,在GAN和HFMCD诱导模型中,SMPD3缺失后肝脏从头脂肪生成(DNL)通路并未发生明显改变。这与既往观察一致,即MASLD中肝脏TG仅约26%来源于DNL,大部分来自脂肪动员和饮食来源。

为探索其他途径,研究者进一步测定了脂质摄取、DNL和脂肪酸氧化。结果显示,SMPD3缺失的原代肝细胞脂质摄取明显降低,而DNL和脂肪酸氧化不受影响。Huh-7细胞实验也得到一致结果:SMPD3敲低抑制脂质摄取速率,SMPD3过表达则增强脂质摄取。在体内实验中,HKO小鼠肝脏对脂肪示踪剂C12-BODIPY的摄取减少;重新引入野生型SMPD3可逆转这一现象,而引入水解失活型SMPD3D428A,K433A突变体则不能逆转。重要的是,各组血清C12-BODIPY水平并未受到影响,提示肝脏脂质摄取下降并不会改变系统性脂质分布。此外,补充神经酰胺可恢复HKO小鼠原代肝细胞和肝脏中的脂质摄取。上述结果表明,SMPD3通过增强脂质摄取促进脂质积累。

SMPD3通过改变质膜鞘磷脂/神经酰胺平衡调控小窝内吞

SMPD3是一种定位于质膜的酶,可在细胞应激状态下将鞘磷脂水解为神经酰胺。与此一致,研究者观察到,与胞质组分相比,SMPD3在膜组分中特异性富集。Smpd3敲除肝脏RNA测序和原代肝细胞蛋白质组学分析显示,SMPD3破坏主要影响质膜相关蛋白和结构区域,例如微结构域、细胞囊泡和内体。

为了明确SMPD3在质膜上的功能,研究者对SMPD3共免疫沉淀产物进行了蛋白质组学分析,发现其与膜蛋白复合体和膜筏存在相互作用,尤其是在肝细胞中与小窝结构蛋白caveolin-1(CAV1)和caveolin-2(CAV2)相互作用。免疫荧光染色进一步证实,棕榈酸(PA)诱导的脂毒性可增强SMPD3表达,并促进SMPD3与质膜小窝共定位。在过表达带标签SMPD3、CAV1和CAV2的HEK 293T细胞中,研究者进一步验证了这些相互作用。类似相互作用也存在于MASH肝脏样本中。

小窝是质膜上富含胆固醇和鞘脂的小型内陷结构,参与小窝介导的内吞和脂质转运。透射电镜(TEM)和RAB5A染色显示,脂质负荷可显著增加小窝和内吞囊泡数量,而SMPD3敲低可减少这一变化。这提示SMPD3可能通过调控小窝介导的内吞,进而影响肝细胞脂质摄取。

为了验证这一假设,研究者进行了脂肪酸摄取实验。首先,使用dynasore抑制内吞后,SMPD3缺失肝细胞中脂质摄取下降的现象被消除,支持其机制依赖内吞过程。其次,通过过表达CAV1、CAV2或二者同时过表达来增加小窝数量,可显著增强脂质摄取;但这一作用可被SMPD3敲低或SMPD3抑制剂DPTIP完全消除。相反,SMPD3过表达促进脂质摄取,而敲低CAV1或CAV2则抑制这一作用。这些结果表明,SMPD3在小窝依赖性脂质摄取中发挥关键作用。

研究者随后进一步探讨SMPD3的质膜定位和酶活性是否为该过程所必需。截短SMPD3的N端膜锚定结构域会破坏其与CAV1和CAV2的相互作用,削弱鞘磷脂水解,并减少脂质摄取。此外,人源SMPD3催化位点突变(K435A)虽然保留了与CAVs的相互作用,但阻碍了有效脂质摄取。以上结果提示,SMPD3的酶活性和质膜定位对于调控小窝依赖性脂质摄取都是必要的。通过改变小窝中的鞘磷脂-神经酰胺平衡,SMPD3促进内吞囊泡从质膜弯曲并脱离,从而推动脂质摄取。


图3:SMPD3通过改变肝细胞质膜原位脂质组成,调控小窝内吞并促进脂质摄取。(A和I)实验示意图。(B)C12-BODIPY摄取;比例尺,10 μm。(C)[1-14C]-PA摄取速率,n = 4/组。(D)原代肝细胞DNL和脂肪酸氧化速率,n = 4/组。(E–G)SMPD3敲低(E)或过表达(F)后Huh-7细胞摄取C12-BODIPY的荧光强度,n = 4/组;以及MASH小鼠血清和肝脏中C12-BODIPY摄取的荧光强度(G),n = 3/组。(H)从MASH小鼠分离的肝细胞膜组分和胞质组分中SMPD3的代表性免疫印迹,n = 3/组。(J和K)在6×His-SMPD3组相对于载体组中,强度位于前50%且倍数变化(FC)≥ 2的蛋白,其最显著富集的GO细胞组分(GO-CC)通路(J)及蛋白(K)。(L)Huh-7细胞质膜上SMPD3与小窝的共定位,小窝以CAV1标记;比例尺,10 μm。(M)肝脏裂解液中SMPD3共免疫沉淀(coIP)实验。(N)Huh-7细胞顶端膜小窝的透射电镜(TEM)图像;比例尺,0.5 μm,n = 3–5/组。(O)Huh-7细胞中RAB5A早期内体标志物的免疫荧光染色;比例尺,10 μm。(P)经或未经dynasore处理的原代肝细胞摄取C12-BODIPY的荧光强度,n = 3/组。(Q)在转染载体或SMPD3质粒并伴随CAV1或CAV2敲低的Huh-7细胞中,C12-BODIPY摄取情况;比例尺,10 μm。(R)SMPD3截短和突变示意图。(S和T)表达全长、截短型或突变型SMPD3的Huh-7细胞中C12-BODIPY摄取情况;比例尺,10 μm。(U)机制示意总结。数据以均值 ± SEM表示。两组之间采用非配对Student’s t检验;多组之间采用单因素方差分析。*p < 0.05,**p < 0.01,***p < 0.001。另见图S4。

SMPD3通过调控胞外囊泡释放促进肝纤维化和炎症

脂毒性是MASL进展为MASH的重要标志,可触发肝内炎症和纤维化。在代谢应激下,脂肪变性肝细胞会释放具有病理作用的胞外囊泡(EVs),并通过这些囊泡与非实质细胞沟通,包括巨噬细胞和肝星状细胞(HSCs),进而启动炎症和纤维化反应。SMPD3可生成锥形脂质神经酰胺,促进膜出芽和腔内囊泡形成,因此对EV生物发生非常关键。与这一功能一致,RNA测序数据显示,SMPD3缺失可抑制肝脏炎症和纤维化。

细胞类型解卷积分析进一步显示,HKO可显著减少MASH肝脏中的非实质细胞,包括巨噬细胞和肝星状细胞。为了检测SMPD3缺失是否影响MASH过程中的EV产生,研究者从GAN饮食小鼠肝脏中分离EV。结果显示,与FLOX对照相比,HKO小鼠肝源性EV产生显著减少,无论是小EV群体(<200 nm)还是中/大EV群体(>200 nm)均下降。HKO小鼠来源EV中,EV标志物CD63和肝细胞标志物白蛋白水平降低,进一步证实肝源性EV减少。脂质刺激Huh-7细胞后的TEM结果也支持这一观察,即SMPD3敲低可减少EV产生。

为了明确SMPD3如何影响肝细胞与非实质细胞之间的通讯,研究者首先用PA刺激FLOX或HKO肝细胞,并收集条件培养基(CM),再处理小鼠原代HSC和骨髓来源巨噬细胞(BMDMs)。与FLOX-CM相比,HKO-CM削弱了HSC活化,表现为Acta2 mRNA表达下降。Acta2编码HSC活化标志物α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)。同时,HKO-CM促使巨噬细胞向抗炎M2表型偏移。流式细胞术也显示,HKO-CM降低M1/M2巨噬细胞比例,提示促炎巨噬细胞减少而抗炎巨噬细胞增加。

体内结果与体外实验一致。GAN饮食HKO小鼠肝脏中α-SMA阳性HSC减少,CD80阳性M1巨噬细胞减少,CD206阳性M2巨噬细胞增多。重新引入SMPD3可逆转这些变化,提示肝细胞中的SMPD3在影响肝脏微环境中巨噬细胞极化和HSC活化方面具有重要作用。

为了判断这些效应是否由肝细胞分泌的EV介导,研究者分别分离肝源性和肝细胞来源EV,并直接刺激BMDMs和JS-1细胞(一种小鼠HSC细胞系)。结果与条件培养基实验一致:与FLOX-EVs相比,来自肝细胞培养物或肝脏的HKO-EVs均可明显降低JS-1细胞中纤维化相关基因及α-SMA蛋白表达,并抑制BMDMs中的M1/M2巨噬细胞极化。去除EV的条件培养基不能影响巨噬细胞极化或HSC活化,进一步确认这些作用由EV介导。重要的是,使用Proteinase K(PK)消化FLOX-EVs中的蛋白成分后,其促炎和促纤维化作用消失,同时FLOX来源EV与HKO来源EV之间的差异也被消除。这提示SMPD3通过肝细胞来源EV中的蛋白货物促进肝纤维化和炎症。

进一步分析脂肪变性肝细胞相关分泌组基因后,研究者发现Smpd3敲除后有12个分泌因子下调。其中,编码骨形态发生蛋白8B(BMP8B)的基因下降最显著。值得注意的是,HKO小鼠肝细胞来源EV和肝源性EV中的BMP8B水平也明显降低。BMP8B属于转化生长因子β(TGF-β)超家族,既往研究提示其可通过BMP-TGF-β通路使HSC转分化为肌成纤维细胞,从而加重MASH进展。重要的是,在TGF-β超家族成员中,BMP8B是唯一一个由脂毒性诱导,并在HKO小鼠肝细胞或肝脏中持续降低的成员。总体而言,这些结果表明,脂肪变性肝细胞中SMPD3上调,可通过EV携带包括BMP8B在内的促炎、促纤维化货物,促进其与邻近细胞通讯,从而加重MASH微环境改变。


图4:肝细胞中SMPD3缺失削弱EV介导的纤维化和炎症。(A)从MASH肝脏分离的EV蛋白浓度,n = 6–8/组。(B)从FLOX和HKO小鼠血清中分离EV后,检测CD63、calnexin和白蛋白的免疫印迹。(C)SMPD3敲低后Huh-7细胞分泌EV的透射电镜图像。(D、H和L)实验示意图。(E和F)纤维化相关基因(E)和炎症相关基因(F),n = 3–4/组;通过流式细胞术检测BMDMs中M1/M2巨噬细胞极化比例,n = 3/组。(G)肝组织切片中α-SMA、CD80和CD206的代表性染色;α-SMA比例尺,100 μm;CD80和CD206比例尺,40 μm。(I、J、M和N)JS-1细胞中纤维化相关基因表达及α-SMA免疫印迹。(K和O)BMDMs培养基中的细胞因子水平。(P–R)原代肝细胞(Q)或MASH肝脏(R)中与肝脏分泌因子相关差异表达基因的韦恩图(P)和热图。(S)肝细胞来源EV和肝源性EV中BMP8B货物装载的免疫印迹。(T)机制示意总结。数据以均值 ± SEM表示。采用非配对Student’s t检验。*p < 0.05,**p < 0.01,***p < 0.001。另见图S5。

药理学抑制SMPD3改善饮食诱导的MASH

在遗传学证据的基础上,研究者进一步评估了药理学靶向SMPD3的治疗潜力。DPTIP是一种可口服的SMPD3抑制剂,已显示可剂量依赖性阻断细胞EV释放。当DPTIP用于已经建立MASH的小鼠时,可显著抑制肝脏SMPD3活性,表现为Cer/SM比值和EV释放下降。DPTIP干预后,小鼠MASH病理得到明显改善。组织学分析进一步证实了其作用,包括NAS评分下降、M1/M2巨噬细胞极化降低,以及肝纤维化明显缓解。

为了评估DPTIP处理结果与人类MASH严重程度之间的对应关系,研究者将DPTIP处理小鼠的基因表达谱与人类MASH数据集进行比较。结果显示,DPTIP可显著改善小鼠MASH严重程度,使其表达谱从较进展阶段(F2-F3)转向较早的纤维化前阶段(F0-F1),甚至接近MASL。通路分析显示,DPTIP下调炎症和纤维化相关通路,同时影响与膜筏和微结构域相关的细胞功能。此外,DPTIP还降低了参与MASH进展的多类非实质细胞丰度,包括巨噬细胞、树突状细胞和肝星状细胞。总体来看,这些结果支持SMPD3作为MASH治疗潜在靶点。


图5:DPTIP药理学抑制SMPD3可改善MASH。(A)实验示意图,n = 5–10/组。(B)肝脏中神经酰胺、SM和Cer/SM比值。(C)DPTIP处理小鼠肝脏分离EV的相对数量,n = 4/组。(D)肝脏重量。(E)血清ALT和AST。(F)肝脏TG、TC和HYP。(G)肝组织切片代表性H&E、油红O、天狼星红、α-SMA、CD80和CD206染色,以及NAS评分;α-SMA比例尺,100 μm;CD80和CD206比例尺,20 μm。(H)基于20个人类MASH严重程度同源特征基因表达,通过PCA和聚类分析展示患者MASLD进展以及DPTIP处理MASH小鼠的疾病状态;所有聚类均采用欧氏距离。(I和J)小鼠肝脏GO生物过程(GO-BP)和GO细胞组分(GO-CC)富集分析。(K)肝脏NPCs的ssGSEA评分。数据以均值 ± SEM表示。两组之间采用非配对Student’s t检验;多组之间采用单因素方差分析。*p < 0.05,**p < 0.01,***p < 0.001。

脂毒性诱导的DNA损伤通过抑制SIRT1上调SMPD3

鉴于SMPD3缺失可改善MASH,研究者进一步追问:在疾病进展过程中,是什么因素驱动SMPD3上调?为模拟MASH相关应激,研究者使用多种与MASH病理相关的葡萄糖、脂质和应激刺激处理肝细胞。结果显示,脂毒性棕榈酸(PA)和DNA损伤诱导剂阿霉素(Dox)最明显地增加细胞死亡,并诱导SMPD3 mRNA和蛋白水平升高。公共GEO数据集的GSEA结果显示,人类MASLD肝脏中DNA损伤和修复相关通路富集,提示DNA损伤可能参与MASH进展。

以磷酸化γH2A.X(p-γH2A.X)增强作为DNA损伤标志,研究者发现PA和Dox处理均可在肝细胞中触发鞘磷脂水解,这可能与SMPD3表达升高有关。其他DNA损伤诱导剂,包括phenazine(Phen)、顺铂(Cis)和博来霉素(Bleo),同样可升高SMPD3 mRNA表达。在肝细胞和MASH小鼠肝脏样本中,DNA损伤与质膜结合型SMPD3上调之间的关联也得到确认,提示脂毒性相关DNA损伤可能是MASH中SMPD3转录激活的关键驱动因素。

DNA损伤会激活多聚ADP核糖聚合酶1(PARP1),该酶是重要DNA修复酶,但会快速消耗NAD+。与此一致,PA和Dox处理可提高肝细胞PARP活性,并显著降低NAD+水平。PARP抑制剂可逆转这些效应,并降低SMPD3表达。由于PARP1和SIRTs共同依赖NAD+作为辅因子,并在细胞应激下调节生存与死亡通路,研究者提出假设:PARP诱导的NAD+消耗可能抑制SIRT活性。

通过荧光素酶报告系统,研究者发现SIRT1是SMPD3转录的重要抑制因子。使用SIRT1激动剂SRT可下调SMPD3表达,而使用SIRT1抑制剂烟酰胺(NAM)则促进SMPD3表达。与此一致,PA和Dox处理可降低肝细胞NAD+水平和SIRT1活性,这与MASL和MASH小鼠中的观察相吻合;其中,SIRT1抑制特异性出现在MASH阶段。MASH肝脏样本中H3K9和H4K16乙酰化增加,也支持SIRT1活性下降。进一步实验显示,过表达野生型SIRT1可抑制SMPD3表达,而失活突变体H363Y无此作用。染色质免疫沉淀(ChIP)实验证实,SIRT1可降低SMPD3启动子上H3K9Ac和H4K16Ac富集,提示其具有直接转录抑制作用。在体内,抑制SIRT1会加重肝损伤并上调SMPD3,而激活SIRT1则可逆转这些效应。

这些发现共同揭示了一条新的病理级联反应:脂毒性诱导DNA损伤,激活PARP,消耗NAD+,继而抑制SIRT1活性,最终导致SMPD3上调并促进MASH进展。


图6:脂毒性诱导的DNA损伤通过抑制SIRT1导致SMPD3转录上调。(A–C)原代肝细胞中SMPD3和p-γH2A.X的免疫印迹。(D)原代肝细胞中神经酰胺和Cer/SM比值,n = 3/组。(E)Huh-7细胞膜组分和胞质组分中SMPD3的免疫印迹。(F)小鼠肝脏中SMPD3和p-γH2A.X的免疫印迹,n = 4/组。(G–J)在PA和Dox刺激并联合PARP抑制剂AIQ和PJ34处理的Huh-7细胞中,检测SMPD3 mRNA、细胞NAD+以及PAR和SMPD3表达,n = 3/组。(K)不同SIRTs对HEK 293T细胞中SMPD3启动子活性的影响,n = 4/组。(L)SRT1720和NAM对Huh-7细胞、原代肝细胞和L02细胞中SMPD3转录的调控,n = 3/组。(M和N)Huh-7细胞中的NAD+水平和SIRT1活性(M,n = 4/组),以及MASH小鼠肝脏中的NAD+水平和SIRT1活性(N,n = 6–7/组)。(O)小鼠肝脏中SIRT1、SMPD3、H4K16Ac和H3K9Ac的免疫印迹,n = 3/组。(P和Q)L02细胞中SIRT1活性和SMPD3 mRNA表达,n = 3/组,以及SIRT1和SMPD3的免疫印迹。(R)Huh-7细胞中SMPD3启动子区域H3K9Ac和H4K16Ac富集的ChIP-qPCR分析,n = 3/组。(S)机制示意总结。数据以均值 ± SEM表示。两组之间采用非配对Student’s t检验;多组之间采用单因素方差分析。*p < 0.05,**p < 0.01,***p < 0.001。另见图S6和图S7。

靶向SIRT1-SMPD3轴的双功能分子DC17缓解MASH

SIRT1缺失与MASH密切相关,而激活SIRT1可缓解疾病。由于SIRT1活性下降是MASH中SMPD3上调的重要驱动因素,研究者提出,若能设计一种同时靶向SIRT1-SMPD3轴的双功能分子,充分阻断SMPD3的致病作用,可能成为MASH治疗的新策略。

DPTIP和SIRT1激活剂20b具有相似的结构框架,均由疏水尾部、连接臂和极性头部三个关键部分组成。分子对接分析显示,疏水尾部可有效占据P1口袋,含氮连接臂形成氢键,而极性头部深入富含极性氨基酸的P2口袋。基于这些相似性,研究者设计了一系列预计可同时激活SIRT1并抑制SMPD3的化合物。对DC系列化合物进行SMPD3抑制活性筛选后,DC17被确定为最强抑制剂。与20b和DPTIP的结合模式一致,DC17可充分占据极性P1口袋和疏水P2口袋,并通过连接臂形成氢键。值得注意的是,DC17对SMPD3的抑制效力强于阳性对照GW4869,同时也能显著激活SIRT1。

为了评估DC17对MASH的治疗效果,并判断其获益来源于双功能特性,还是主要来自SIRT1激动或SMPD3抑制中的某一方面,研究者在已建立的MASH模型中比较了DC17、20b和DPTIP。20b和DC17均可降低肝脏SMPD3表达,但DC17还能进一步抑制残余SMPD3酶活性。因此,在改善MASH关键表型方面,DC17优于20b和DPTIP。这些结果说明,同时靶向两个通路具有协同获益。

为了进一步验证DC17是否通过SIRT1-SMPD3轴发挥作用,研究者在SMPD3 FLOX和HKO小鼠中检测DC17效应。在DC17处理的HKO小鼠中,MASH表型相较于载体处理HKO小鼠并未进一步改善,提示SMPD3活性对于DC17治疗MASH的作用是不可或缺的。值得注意的是,在该实验中,小鼠接受GAN饮食34周以建立进展期MASH后才开始DC17治疗。DC17显示出较强疗效,并有效逆转了MASH相关病理改变,进一步支持SIRT1-SMPD3轴是晚期MASH潜在治疗靶点。


图7:靶向SIRT1-SMPD3轴的双功能分子DC17可缓解MASH。(A)双功能DC系列化合物的设计策略。(B)以GW4869作为阳性对照,检测所选分子对SMPD3的抑制作用,n = 3–4/组。(C)DC17与SMPD3(PDB: 5UVG)和SIRT1(PDB: 4I5I)的预测结合模式。(D)DC17对SMPD3的抑制作用,并以GW4869作为阳性对照,n = 3/组;DC17对SIRT1的激活活性,以SRT501和20b作为阳性对照,以DPTIP作为阴性对照,n = 3/组。(E)实验示意图,n = 7/组。(F)肝脏SMPD3、H4K16Ac和H3K9Ac的免疫印迹。(G)肝脏中神经酰胺、SM和Cer/SM比值。(H)血清ALT和TG。(I)肝脏TG、TC和HYP。(J和K)肝组织切片代表性H&E、油红O、天狼星红,以及α-SMA、CD80和CD206染色,并进行NAS评分;α-SMA比例尺,100 μm;CD80和CD206比例尺,25 μm。数据以均值 ± SEM表示。采用非配对Student’s t检验。*p < 0.05,**p < 0.01,***p < 0.001。另见图S7。

贡献★★★★★

目前针对MASH的治疗,尤其是以降低总体脂肪积累为目标的策略,在阻止MASL向MASH进展方面效果仍有限。本研究确定SMPD3是连接脂毒性与MASH的关键节点,它整合了脂毒性、炎症和纤维化等重要疾病特征。通过介导质膜鞘磷脂水解,SMPD3促进脂质摄取和胞外囊泡释放,从而驱动MASH进展。

抑制SMPD3,尤其是通过DC17这类双靶向化合物进行干预,为进展期MASH提供了一种有前景的治疗思路,也回应了当前临床中尚未满足的重要需求。未来,进一步开发同工型特异性、肝脏靶向、代谢稳定性更好的SMPD3抑制剂,或探索多靶点干预药物,将有助于推动有效MASH治疗策略的发展。

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