FDA 批准的大环化合物药物已超 70 种,先导化合物优化阶段,环化是实现构象约束的经典改造手段。通过 linker 将柔性分子关环,能够限制单键自由旋转,锁住优势活性构象,提升靶点亲和力与选择性。此次介绍环化的策略、应用及环化的合成方法,希望对先导化合物的优化有所帮助。
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参考:
1.DOI: 10.1021/acs.jmedchem.6c00018.
2.DOI:10.1021/acs.jmedchem.6c01320.
3.DOI:10.1021/jm1012374.
4.DOI:10.1021/acs.jmedchem.4c01822.
5.DOI:10.1021/acs.jmedchem.3c00134.
6.DOI:10.1021/acs.jmedchem.6c00238.
7.DOI:10.1126/science.aed8713.
FDA批准的大环化药物
2005‑2022 年间,处于临床阶段大环候选物(34 个),FDA 批准 67 个大环药物,其中88% 来自天然产物或其衍生物,仅 12% 为从头设计。
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环化策略与优势
优势:环化可以把分子结构转化为有利活性构象,降低结合的熵损失,提高激酶靶点选择性,解决激酶 ATP 口袋高度保守带来的脱靶难题;
缺点:合成常面临环张力大、合成步骤多、收率低的难题。
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关键因素
环张力:五元、六元环张力最小,合成容易,分子稳定;三元、四元环张力高,化学不稳定,容易开环;七元中环会存在跨环张力;
linker选择:药物环化设计的linker 需匹配靶点空间距离,兼顾环张力;
Fsp3:引入脂环、螺环、桥环提高 Fsp3,通常有利于成药性;
合成可行性:设计同时要考虑合成路线。
环化策略应用
WEE1 抑制剂
以临床候选 WEE1 抑制剂 AZD1775(化合物 1,adavosertib)为起点,开发大环类 WEE1 激酶抑制剂,获得高选择性先导大环化合物2与衍生物15,解决 AZD1775 因脱靶抑制 PLK1 带来的临床耐受性差问题。
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HIPK4 抑制剂
以博舒替尼为起始骨架,利用大环化策略约束分子构象柔性。保留 4‑(苯胺基)‑喹啉‑3‑氰基核心药效团,系统优化连接子长度、喹啉 7 位取代、苯胺后口袋取代基。经过筛选,确定喹啉 7‑甲氧基、PEG1 型大环连接子、苯胺 3‑甲氧基为优势结构,得到 AZ137(28e)。
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Merck 基于氨基喹唑啉结构进行大环化,稳定生物活性构象、调节理化性质,改善激酶抑制剂中枢穿透与选择性,获得临床前候选化合物 12。
PDGFRα 抑制剂
以活性中等的大环分子 L1 为起始,保留铰链结合关键 N‑C‑N 药效亚结构,进行骨架跃迁。经筛选得到化合物 L2,围绕大环连接链长度、环类型开展构效优化,得到最优化合物 L7。L7 生化 IC50为 23.8 nM,细胞 IC50达 2.1 nM,可有效抑制临床耐药突变,具备良好体外药效。
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JAK2 抑制剂
基于 I 期临床的 JAK2 抑制剂 18e 进行优化,大环化策略锁定分子构象,以 4‑吡唑‑2‑氨基嘧啶为母核,合成系列大环衍生物,经筛选得到四碳连接链、哌嗪末端取代的化合物 15au,JAK2 IC50达 2 nM,对 JAK1/JAK3/TYK2 选择性大幅提升。
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环化的合成方法
大环合成容易发生二聚、寡聚副产物,反应结果高度依赖前体分子构象。
Merck 团队通过通过 7 种工程化酶、3 种辅助酶完成肽段拼接、大环环化与还原胺化,实现口服大环肽 PCSK9 抑制剂 enlicitide(MK-0616,CAS:2407527-16-4)的公斤级绿色合成,总步骤较原工艺减少超 50%。
大环内酰胺化、大环内酯化
最为经典成熟,肽化学缩合试剂选择丰富。既可以液相也可以固相合成,固相上可以使用 “环化释放” 策略,环化同时分子从树脂载体上切割下来。
缺点:大多需要高稀释条件。
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SN2、SNAr 亲核取代反应
SNAr 尤其适合构建联芳醚大环,和万古霉素类骨架类似,微波可以加速反应。
缺点:官能团兼容性有限,易发生消除副反应,需要高稀释。
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关环复分解 RCM
应用最广的大环合成手段,二代钌催化剂最为常用。
优点:官能团耐受好,适配多种环大小;
缺点:生成烯烃顺反异构体;产率受取代基、位阻、杂原子影响;将钌金属残留去除到制药允许的极低标准难度很大。
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点击化学
生成三唑环,可固相开展;
缺点:容易二聚,分子骨架设计必须接受三唑基团。
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钯催化系列反应
包括 Stille、Sonogashira、Heck、Larock 吲哚合成、Buchwald‑Hartwig C‑N 偶联、Suzuki‑Miyaura 偶联,可以构建联芳、烯、炔类大环。
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其他有机/金属反应
包括Wittig 反应、Mitsunobu、还原胺化、自由基环化、Dieckmann、Prins、频哪醇环化、扩环反应等。
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多组分反应 MCR
Ugi、Passerini、Staudinger 反应;MiB 策略(双官能团多组分大环化),一步构建高度复杂大环。
局限:异腈等砌块原料可得性有限。
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