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9家药企联手,击败最强开源版AlphaFold3

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高质量数据的价值,再一次被实测证明了!

近日,由艾伯维、Astex、BMS、强生和武田五家 药企牵头的AI结构生物学(AISB)联盟传出了好消息。

团队在现有 「 AlphaFold3开源版 」 OpenFold3基础上做微调 ,引入20167组药企私有的蛋白质结构数据后 , 在不到十周的时间内 实 现了性能的巨大提升。


根据官网公开信息, 最终生 成的模型AISB-1-Fed在测 试中超越了所有公开模型,也优于任何仅基于单一合作伙伴数据进行微调的模型。

在1056组蛋白质-配体测试中,AISB的模型对超过一半样本实现高精度预测,远高于 OpenFold3的35%和 竞品开源模型Boltz-2的40%。

不过这项研究目前仅发布博客文章,尚未经过同行评审,模型也暂不对外公开。但负责人表示未来数年将通过 X 射线晶体学产出50万组蛋白质片段与药物结合的实测结构,并全部公开。


礼来等牵头 打造AI制药数据联盟

AI结构生物学(AISB)联盟成立于2025年3月,最初只有 艾伯维、强生两家药企,随后阿斯利康、勃林格殷格翰、BMS、强生、赛诺菲和武田陆续加入其中,目前已经是一个相当大的组织。

该联盟底层技术由专注于联邦学习(Federated Learning)的AI制药企业Apheris提供,能够在保护数据隐私的前提下协同训练AI模型;且与哥伦比亚大学Mohammed AlQuraishi实验室开发的OpenFold3有深度合作。

实际上,远不止以上跨国药企注意到了私有数据的价值。

制药巨头礼来旗下就有TuneLab平台,包含了价值超过价值10亿美元的专有数据,还将提供12种机器学习模型。


小型生物药企可以贡献自有数据来改进这些模型,而无需直接暴露其专有数据或礼来公司的专有数据。

欧洲结构基因组学联盟(SGC)也在去年启动了一项预算超6000万欧元的Ligand-AI公私合营项目,聚焦生成大规模蛋白-配体互作开源数据集。

—The End—


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