江西
1990年7月，福建平潭，闽平渔5540号离开港口时，船上渔民并不知道，这趟普通的海上作业，后来会成为两岸交涉中的一桩重大惨案。
这艘船并不大，船员多是常年在海上讨生活的平潭人。按照当时的习惯，他们带着渔具、补给和少量中药材、白酒，准备捕鱼，也可能与台湾渔民进行一些小额交易。那时，两岸民间往来受到限制，但海上渔民之间并非没有接触。
7月21日前后，闽平渔5540号遭到台湾方面武装人员拦截。对方登船检查后，以涉嫌走私等理由控制船只和人员。关于船上人数、押解过程等细节，不同材料存在差异，但能够相互印证的核心事实是：部分大陆渔民被强行关入封闭船舱，舱口又被木板钉死。
船舱空间极其狭小。盛夏海面气温很高，舱内没有正常通风，人员又被挤在一起，空气很快变得污浊。有人拍打舱壁，有人呼喊求救，还有人试图用身体撞开木板。幸存者后来回忆，舱内最难忍受的并不是黑暗，而是吸不到气。
“不能这样关着，里面有人快不行了！”有人在甲板上呼喊。
据大陆方面随后公布的尸检情况，死者没有明显致命外伤，尸体出现颜面青紫、眼睑充血等表现，符合高温、密闭和缺氧环境下窒息死亡的特征。部分被关押者设法破坏舱顶，才获得逃生机会；另一些人则没能等到船只返回平潭。
7月22日，闽平渔5540号回到平潭附近。岸边渔民发现船上情况异常，随即报告。经核查，这起事件造成25名大陆渔民死亡。这里需要特别说明，后来一些文章把“46人”全部归入闽平渔5540号，容易造成事实混淆。
46人的数字，主要来自两起相邻发生的案件。闽平渔5540号案造成25人死亡；同年8月，闽平渔5202号又发生沉船事件，造成21人死亡，两案合计为46人。前一案是密闭船舱导致窒息，后一案则涉及船只碰撞、救援迟缓等争议，性质和经过不能简单混为一谈。
闽平渔5202号事件中，台湾方面将多名大陆人员控制在船上，随后发生船只沉没。生还者认为，撞船及救援过程存在严重问题。部分幸存者后来在台中靖庐绝食抗议，要求调查真相。台湾方面却把责任归咎于船只自身，未能给出令死者家属和幸存者信服的解释。
更引发争议的是，闽平渔5540号案发生后，台湾当局没有公开进行充分追责，相关执法人员反而受到肯定。时任台湾地区行政机构负责人郝柏村还将事件比作“飞机失事”，称其属于意外。这种表述不仅回避了关押方式和救援责任，也使案件的政治后果进一步扩大。
还要指出一个时间上的问题。台湾地区“海巡署”成立于2000年，1990年并不存在这一机构。因此，标题中的“台湾海巡署”属于后来的概括性称呼；从当时的制度看，执行海上查缉和遣返任务的主要是台湾军警及相关海上执法力量，台湾海军也参与了部分行动。历史叙述若忽略这一点，容易把不同年代的机构混在一起。
连续发生的人员死亡事件，迫使两岸红十字组织介入协商。1990年后，双方围绕人员遣返、船只处置和交接程序展开谈判，后来形成了相关协议，希望减少私自押解、粗暴遣返和缺乏救援保障的情况。
但协议并不能立刻消除海上对立。此后相当长一段时间，两岸渔船在作业范围、避风停泊和人员遣返问题上仍有冲突。闽平渔5540号和闽平渔5202号之所以被反复提及，不只是因为死亡人数，更因为案件暴露出执法失控、信息封闭和责任推诿所造成的后果。
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