海南
之后众人继续上路，过程中小智的黏黏宝先是进化成为黏美儿，再是进化成为黏美龙实现了变强的目标。与此同时落单的武藏和果然翁被一只臭臭花意外袭击掉入湖中，当她醒来后身边一位英俊的医生正在救治着她，而果然翁则是和医生饲养的雌性果然翁相处愉快。
这位医生心地善良并得到了村民的一致好评，对此武藏心中不禁产生了归隐的想法，让自己和果然翁留在这里过上平凡幸福的生活。
此刻藏于草丛中的小次郎拦下了想要呼唤武藏的喵喵，通过观察他也发现了武藏的想法，也许这个时候就是应该想位男人一样默默离开。但是离开的途中一位宝可梦盗猎者却突然出现，对方抓捕了喵喵、乌贼以及南瓜怪，就连小次郎也被其打伤艰难逃离。他不想告诉武藏这个消息而是让小智帮忙对付盗猎者，然而对手的强大实力小智等人也无法抵御。
另一边武藏从医生和村民口中获知了这个消息，尽管心中有着薄田茶屋的念想但她还是做出了决定。就这样盗猎者被众人合力击败，武藏也在月色下离开了这个宁静的村落，也许那漫天飘飞的花瓣就是她逝去的美好爱情，不过有着同伴的陪伴她未来的旅途也将充满光彩。
一段时间后小智来到了希特隆所在的密阿雷道馆进行挑战，战斗过程中皮卡丘击败了掘掘兔，摔角鹰人打倒了电伞查特，而黏美龙则是艰难战胜了伦琴猫，因此小智得到了第五枚徽章电压徽章。
之后大家路过了黏美龙的故乡，通过黏美龙的祈雨技能众人协力恢复了故乡湿地的生态，此后为了更好的守护湿地与同伴，小智将黏美龙留在家乡双方挥泪作别。数日的相处虽然短暂但却有着刻骨铭心的回忆，希望未来他们都能向着梦想不断前进。
接着小智来到了第六座道馆乡村道馆提出挑战，靠着火箭雀击败仙子伊布以及摔角鹰人打倒粉香香，小智赢得胜利收获了第六枚徽章妖精徽章。
第二天大家动身前往下一个道馆，途中摔角鹰人捡到了一颗宝可梦蛋，从中孵化出了一只嗡蝠并加入小智的团队。同时莎莉娜也再次参加了一场三冠卫星赛，功夫不负有心人凭借与宝可梦的完美配合，她总算赢得了首场表演赛冠军以及一枚公主钥匙。
三冠卫星赛分为新人级和大师级，集齐新人级的三枚公主钥匙就能参加大师级赛事角逐女王称号。随后大家在旅途中见到了一只火焰鸟，在与对方的交手中火箭雀成功进化为烈箭鹰实力大进。
在此之后众人抵达了第七个道馆百刻道馆，馆主是一位有着预知能力的女士，并且预言呱头蛙未来会拥有新的力量甚至可以登顶巅峰。接着馆主接受了小智的挑战请求比赛规则为混合双打，此战馆主派出了两只超能妙喵，小智则是选择用呱头蛙和烈箭鹰迎战。
最终小智指挥两只宝可梦打出完美的配合赢得胜利，于是他成功得到了第七枚徽章精神徽章。战后馆主还向布拉塔诺博士说出了自己的另一个预言。
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