个人独资企业无票运费被认定不得税前扣除，法院两审认定税局适用法律错误

编者按：实践中，税务机关比对发票金额、纳税申报表与财务报表数据后，发现申报成本明显高于取得的成本发票时，往往向经营主体推送风险预警。那么，没有取得发票的成本，是否必然不得税前扣除？本文结合企业所得税法、个人所得税法及相关规定，辨析企业所得税原则上凭票扣除与个人所得税经营所得据实扣除规则的区别，并以(2024)辽10行终174号判决为例加以印证，进一步提出针对此类预警的应对策略与合规建议，以期为相关市场主体提供参考。

01

案例引入

甲系从事建材批发的个体工商户，日常从厂家采购钢材、水泥等货物，再销售给工地和经销商，货物运输量较大。某年度，甲申报成本费用1500万元，而税务机关比对发现，其当年取得的采购、运输等发票合计仅1300万元，两者相差200万元。这200万元，是甲向个人车主支付的货物运输费。因对方未开具发票，甲一直未能取得运输发票，但保存了运输结算单、采用非现金方式支付的付款凭证、承运人及车辆信息、采购与销售合同、过磅单、出入库记录以及客户签收资料。该差额触发风险预警，税务机关认为这200万元缺乏合法扣除凭证，拟不予税前扣除并要求补缴税款。甲就此咨询，这笔真实支出、却没有发票的运费，是否就因未取得发票而不能在税前扣除？要回答这个问题，需先分清企业所得税与个人所得税经营所得两套不同的税前扣除凭证规则。

02

不同所得税纳税主体的税前扣除凭证规则不同

（一）企业所得税项下，发票原则上是税前扣除的主要凭证

假使纳税主体是有限责任公司、股份有限公司等企业所得税法规定的企业，其成本费用扣除首先应满足《企业所得税法》第八条的条件，即支出实际发生、与取得收入有关且金额合理；相应税前扣除凭证根据《企业所得税税前扣除凭证管理办法》（国家税务总局公告2018年第28号）第四条规定还应符合真实性、合法性、关联性的要求。就凭证形式而言，28号公告第九条规定，企业在境内发生的支出属于增值税应税项目、对方为已办理税务登记的增值税纳税人的，以发票（含税务机关代开的发票）作为税前扣除凭证；对方为依法无需办理税务登记的单位或从事小额零星经营业务的个人的，以税务机关代开的发票，或者载明收款人身份、支出项目、金额等信息的收款凭证及内部凭证作为税前扣除凭证。对于不合规发票，第十二条至第十六条设置了递进处理，即取得虚开、填写不规范等不合规发票的，不得作为税前扣除凭证；支出真实且已实际发生的，应在汇算清缴期结束前要求对方补开、换开；确因对方注销、撤销、被吊销营业执照或被认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开的，可凭无法补开的证明资料、合同协议、非现金付款凭证、货物运输及出入库凭证等证实支出真实性后扣除；逾期仍未补开又不能提供上述资料的，相应支出不得在发生年度税前扣除。

需要提醒的是，企业所得税项下的无票扣除条件相当严苛。补开、换开常因对方不配合或已注销而难以落实，特殊情形补救又以确实无法补开为前提且须备齐法定资料，实践中真正能以其他资料替代发票扣除的情形十分有限。这也恰恰构成它与下文个人所得税经营所得据实扣除的重要区别。

（二）个人所得税经营所得项下，成本费用扣除遵循据实原则

《企业所得税法》第一条第二款明确规定，“个人独资企业、合伙企业不适用本法。”个体工商户、个人独资企业投资者、合伙企业自然人合伙人取得的生产经营所得，依《个人所得税法》第六条规定，按“经营所得”缴纳个人所得税，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额为应纳税所得额。以个体工商户为例，《个体工商户个人所得税计税办法》第四条明确其以业主为个人所得税纳税义务人，第七条以收入总额减除成本、费用、税金、损失、其他支出及允许弥补的以前年度亏损后的余额为应纳税所得额，第十三条、第十四条要求扣除的支出系与生产经营活动有关的、与取得收入直接相关的、合理的支出，并区分收益性支出与资本性支出、不得重复扣除。这些规定，均未把合规发票设定为成本费用扣除的唯一凭证。

关键在于，28号公告第三条已将其适用主体限定为企业所得税法规定的居民企业和非居民企业，个人所得税经营所得并不在其列。现行经营所得个人所得税规范，也未建立与28号公告相同的专门凭证扣除与补救制度。因此，税务机关不能仅因个体工商户等未取得发票、又不符合28号公告的例外条件，便径行援引28号公告否定其成本。此外，《个人所得税法实施条例》第十五条第三款规定，从事生产、经营活动，未提供完整、准确的纳税资料、不能正确计算应纳税所得额的，由主管税务机关核定应纳税所得额或者应纳税额。

综合来看，经营所得的成本费用扣除，落脚点在于支出是否真实发生、是否与取得收入相关、金额是否合理，发票只是证明成本真实发生的证据之一。支出能够查实的，应当按实际发生额据实扣除。回到前述案例中，甲属于个人所得税经营所得纳税人，其200万元运费若确实发生，且合同、转账、运输、过磅、签收与结算资料能够相互印证、形成完整证据链，税务机关就不能仅因其没有发票，便“类比”企业所得税规则直接推定运输成本不存在。

03

套用企业所得税规则否定无票成本，税务机关两审败诉

上述观点在司法实践中也得到印证，在(2024)辽10行终174号案件中，李某投资的宏光炉料加工厂系个人独资企业，从外地采购矿石、向异地销售铁粉，购销环节均需车辆运输。李某主张2020年、2021年共实际发生运费936万余元，并提交了非现金付款凭证、运输车辆信息、货物出入库资料、采购与销售合同、对账单、检斤单及会计记录等材料。税务机关则以其未能取得合规运输发票、也不满足《企业所得税税前扣除凭证管理办法》关于替代资料的要求为由，不认可相关运费成本，作出补税处理。李某不服，经行政复议后诉至法院。

一审辽宁省灯塔市人民法院认为，宏光炉料加工厂系个人独资企业，根据《企业所得税法》第一条并不属于企业所得税纳税人，税务机关却在处理决定中适用企业所得税领域的规范、比照28号公告作为补税依据，属于适用法律错误，据此判决撤销案涉税务处理决定及行政复议决定。税务机关不服，提起上诉。二审辽宁省辽阳市中级人民法院同样认为，个人独资企业不适用企业所得税法，税务机关比照28号公告要求其补缴税款构成适用法律错误，一审予以撤销并无不当，遂判决驳回上诉、维持原判。

需要说明的是，法院是从适用法律错误这一层面撤销被诉决定，并未在实体上直接认定936万余元运费应予全额扣除。那么，在不能适用28号公告的情况下，税务机关又应如何审查个人独资企业主张的真实成本？这仍要回到前文的据实扣除规则，成本费用能否扣除，取决于支出是否真实发生、是否与取得经营收入相关、金额是否合理，而非是否持有发票。据此，只要合同、资金、货物、运输与会计资料能够相互印证，纵然缺少合规发票，也应据实扣除，不能将成本机械归零。在纳税资料确实不完整、无法正确计算应纳税所得额时，转由税务机关依法核定，而非类推企业所得税规则否定成本。总的来说，个人所得税经营所得遵循据实扣除、发票并非唯一凭证，于法有据，本案方向值得肯定。

04

类似纳税主体收到成本费用税务预警后应对建议

第一，先明确经营主体的性质及相应规则。收到风险预警后，应首先明确自身属于企业所得税纳税人还是个人所得税纳税人。公司适用企业所得税规则与28号公告，重点审查发票、其他凭证及补救条件，包括一人有限责任公司也属于企业所得税纳税人；个体工商户、个人独资企业投资者与合伙企业自然人合伙人适用个人所得税规则，应围绕经营所得的真实计算及证据资料展开说明，不能任由税务机关在缺乏依据的情况下直接套用企业所得税规则。

第二，逐项说明申报成本与发票金额的差额。发票金额并不等于当期成本，采购发票可能计入库存或固定资产，当期成本也可能来自以前年度结转、工资、折旧等无需当期发票的项目。经营者应将申报成本逐项拆解，哪些有发票，哪些属于工资折旧等内部凭证项目，哪些属于小额零星业务，哪些依法应取得发票却尚未取得，从而厘清差额究竟是真实支出、跨期差异，还是确有虚列。

第三，为真实无票成本建立完整证据链。对运输费、装卸费、临时用工等支出，应按交易逐笔整理，如交易对象的姓名、身份证号与联系方式，合同、订单、派工单或结算单，银行、微信等非现金付款记录，运输车辆、路线、货物重量与签收资料，入库、出库、过磅与验收凭证，以及会计记录和成本归集依据。材料之间越能相互印证，越有利于证明支出真实发生、金额准确。在前述的辽阳税案中，李某也正是围绕这类材料主张运费真实发生。

若税务机关仅因缺少发票即否定真实成本，纳税人应及时借助专业税务律师的力量，依法维护自身权益。同时也要守住经营底线，一旦并无真实业务而虚列成本、虚开发票，相应支出不仅不得扣除，还可能导致补缴税款、加收滞纳金、行政处罚乃至刑事责任。因此，经营者在日常经营中，仍应尽量取得合规发票、留存完整交易材料，从源头降低税务风险。