《自然》：打破传统认知！科学家纵向追踪714对母婴数据，发现母乳与阴道并非婴儿肠菌的主发源地

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早期生命阶段是肠道菌群建立的关键窗口期，这一时期的微生物定殖与婴儿早期的免疫发育及未来的终身健康密切相关。分娩方式、喂养模式、抗生素等单一因素会干扰婴儿菌群的建立，诸多暴露因素共同完成了婴儿菌群发育的塑造，明确这些微生态变化与婴儿疾病之间的关系有重要临床意义。

今日，《自然》杂志发表了荷兰格罗宁根大学科研团队的论文，研究者们基于著名的大型出生队列Lifelines NEXT（LLNEXT），对714对母婴进行了纵向宏基因组追踪，绘制了母婴间菌株级垂直传播的生态全景，并首次发现孕期母亲的肠道菌群特征是预测婴儿湿疹发生的关键因子。

研究者从LLNEXT队列中获取了4526份纵向粪便样本（包括1587份母亲粪便和2939份婴儿粪便），覆盖了从孕12周到产后1年的时间段，同时整合了474个变量进行分析。此外，研究者还对82份分娩时的阴道菌群、90份产后1个月的母乳菌群进行了超深度的宏基因组测序（每样本测序量达40 Gb）。

分析结果显示，母亲的肠道Alpha多样性在整个孕期及产后保持高度稳定。尽管群落结构有微弱的变化，但整体极其稳健，仅有111个物种在不同时间点表现出丰度差异。其中，长双歧杆菌（Bifidobacterium longum）在孕期显著增加，而在产后3个月略有下降但仍维持高水平。这一变化规律与孕晚期母亲体内高水平的孕酮密切相关。

与之相反，婴儿的Alpha多样性随年龄具有较大的变化。在出生后2周，婴儿肠道群落通常被单一的优势分类群主导，随后Alpha多样性呈爆发式增长。值得关注的是，研究者利用机器学习进行跨时间预测，发现无论是母亲孕期的菌群结构，还是婴儿2周时的极早期群落，都无法预测婴儿后期（6、9、12个月龄）的成熟菌群结构。

本研究最核心的贡献之一是以菌株级分辨率进行了系统发育分析，捋清了婴儿早期肠菌的真实来源与垂直传播规律。

在检测的81个物种中，所有的物种都至少在某一对母婴间检测到了菌株共享事件。在婴儿生后2周和1个月时，婴儿肠道内高达65%的物种与母亲共享相同的菌株；随着婴儿成长至12月龄，由于环境菌株的侵入和社会接触的增加，母婴菌株共享率下降至25%。

数据分析表明，母亲孕期及分娩时肠道中特定菌群的丰度，是该菌群能否在婴儿中定植的关键。一旦在早期建立起母源垂直传播，这些菌株就获得了极高的定殖黏性。研究证实，出生后早期成功从母亲肠道传播给婴儿的菌株，在9到12月龄时具有极高的持久生存几率。

令人意外的是，超深度测序表明，母乳和阴道并不是肠道主导菌群的主要发源地。尽管母乳中富含表皮葡萄球菌、唾液链球菌等，但它们很少能在婴儿肠道中定植；阴道内的乳杆菌在婴儿肠道中也难寻踪迹。唯一的例外是短双歧杆菌（Bifidobacterium breve, SGB17247），它展现了极强的稳定性，在所有阴道中检出B. breve的母婴对中，婴儿100%（5/5）垂直继承母亲阴道中的特定菌株。

研究者分析了不同暴露因素对婴儿肠道生态发育的贡献。

分娩方式是塑造婴儿菌群最强的生物学预测变量。剖宫产婴儿的肠道在出生后前3个月内都表现出极度持久的拟杆菌属枯竭，差异直至12个月都未能弥补。

阴道分娩则与拟杆菌的双峰分布密切相关。本研究中还包含155对家庭分娩样本，相较医院分娩，家庭分娩仅轻微增加了特定拟杆菌的丰度，说明分娩的物理环境仅产生极其微弱的扰动。

喂养模式在出生后前9个月对婴儿肠道具有持续的决定性作用，直到辅食添加后其效应才逐步减弱。研究者关注到，配方奶粉喂养的婴儿，肠菌功能在肠-脑模块的喹啉酸降解通路显著降低，这提示了早期不同的喂养模式可能通过肠-脑轴对大脑发育产生潜在的影响。

在具体疾病的分析中，研究者发现，母亲在孕期及分娩时的肠道菌群状况可以有效预测婴儿在生后第一年内的湿疹（特应性皮炎）的风险。

后期确诊湿疹的婴儿，其母亲在孕期（孕12周、28周）、分娩及产后3个月时，肠道菌群的Alpha多样性显著偏低。这一影响独立于母亲孕期吸烟史、家庭过敏疾病史等传统的临床危险因素。

难见戴阿利斯特菌（Dialister invisus）是最关键的保护性物种，其在母亲肠道中的丰度偏高与婴儿湿疹风险降低显著相关。此前有研究显示，该菌与抗炎密切相关。这意味着，健康的母亲肠道菌群特征可能通过调节孕期母体的整体炎症水平，从而间接地在子宫内调控胎儿免疫系统的发育。

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参考资料：

[1]Sinha, T., Brushett, S., Fernández-Pato, A. et al. Maternal influences on infant gut microbiome and health. Nature (2026). https://doi.org/10.1038/s41586-026-10922-9

本文作者丨代丝雨