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耿同学揭露后,Nature撤稿,一作离职

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2024年5月15日,一篇关于水稻免疫调控机制的研究在线发表于Nature,论文题为 Release of a ubiquitin brake activates OsCERK1-triggered immunity in rice。研究围绕水稻几丁质免疫受体OsCERK1展开,提出E3泛素连接酶OsCIE1能够作为免疫反应的“刹车”:在没有病原菌侵染时,OsCIE1通过泛素化限制OsCERK1的激酶活性;当病原菌来源的几丁质被识别后,OsCERK1被激活并反过来磷酸化OsCIE1,从而解除这一抑制,使水稻迅速启动免疫反应。论文发表于Nature第629卷1158–1164页。


论文由王钢、陈曦和俞承志共同第一作者,何祖华、张余和王二涛为通讯作者。需要说明的是,王钢目前任职于福建农林大学,但该论文发表时,其署名单位为中国科学院分子植物科学卓越创新中心和新基石科学实验室,因此严格来说,这并不是一篇以福建农林大学为王钢署名单位发表的Nature论文。

然而,在论文发表两年后,这项研究陷入数据完整性争议。2026年,论文中的部分实验图片和数据受到公开质疑,随后研究团队对相关数据进行了内部核查。根据通讯作者公开回应,论文中确实存在问题数据,而且部分数据已经无法找到相应的原始数据。团队随后向所在机构报告,并联系Nature申请撤回论文。与此同时,研究人员重新开展了部分ROS和qPCR实验,并表示新的实验结果仍然支持论文的主要科学结论。由此也出现了一个值得讨论的问题:一篇论文的核心结论如果可能仍然成立,为什么原论文仍然需要撤回?

要理解这场争议,首先需要回到这篇Nature论文最初建立的科学故事。

Figure 1:发现水稻免疫系统中的“刹车”OsCIE1


植物在面对病原菌侵染时,可以通过细胞膜上的模式识别受体识别病原物相关分子,并迅速启动免疫反应。在水稻中,OsCERK1是几丁质免疫信号中的关键受体激酶。真菌细胞壁中的几丁质被植物识别后,可以通过OsCERK1等受体激活活性氧爆发、免疫相关基因表达以及后续抗病反应。但是免疫反应本身需要消耗大量能量,如果OsCERK1在没有病原菌时也持续保持高度活化,就可能影响植物正常生长,因此水稻需要一套机制限制OsCERK1在正常条件下的活性。

Figure 1首先鉴定到了一个U-box型E3泛素连接酶OsCIE1。作者通过蛋白互作和遗传学实验提出OsCIE1能够与OsCERK1发生相互作用。进一步构建OsCIE1相关遗传材料后发现,OsCIE1功能受到破坏时,水稻在几丁质刺激下产生的ROS增强,同时对稻瘟病菌表现出更强的抗性;相反,提高OsCIE1的作用则会抑制部分免疫反应。因此,作者将OsCIE1定义为OsCERK1介导免疫反应的负调控因子,也就是整篇论文所说的免疫“刹车”。

这一部分首先建立了OsCIE1与水稻免疫之间的功能关系:正常情况下,OsCIE1限制OsCERK1介导的免疫反应;当OsCIE1功能缺失后,这种限制减弱,水稻免疫反应随之增强。接下来的问题就是,OsCIE1究竟通过什么分子机制实现这种抑制作用。

Figure 2:OsCIE1通过泛素化抑制OsCERK1活性


Figure 2进一步研究OsCIE1如何调控OsCERK1。由于OsCIE1属于E3泛素连接酶,作者重点检测了它是否能够促进OsCERK1发生泛素化。实验结果显示,OsCIE1能够促进OsCERK1的多聚泛素化,但这种修饰并没有简单地导致OsCERK1蛋白大量降解,而是主要影响OsCERK1的激酶活性。

这意味着OsCIE1对OsCERK1的调控不同于经典的“泛素化—蛋白酶体降解”模式。按照论文提出的模型,OsCIE1给OsCERK1添加泛素链以后,相当于在受体激酶上安装了一个功能性的限制器,使OsCERK1对下游底物的磷酸化能力降低。在没有病原菌刺激的情况下,这套机制能够避免OsCERK1被过度激活,从而维持免疫系统的低活性状态。

Figure 2因此把Figure 1中的遗传学现象进一步落实到了生化机制层面。OsCIE1缺失之所以会导致免疫增强,是因为原本由OsCIE1介导的OsCERK1泛素化受到影响,OsCERK1的激酶活性不再受到同样程度的限制,由此导致下游免疫信号增强。

Figure 3:病原菌出现后,OsCERK1反过来解除“刹车”


如果OsCIE1始终能够抑制OsCERK1,那么植物真正受到病原菌侵染时又如何快速解除这种限制?Figure 3进一步提出了整篇论文最关键的反馈调控机制:当几丁质信号出现以后,OsCERK1被激活,而活化后的OsCERK1会反过来磷酸化自己的负调控因子OsCIE1。

研究进一步将一个关键磷酸化位点定位到了OsCIE1的Ser237。作者通过构建不同的Ser237突变材料,比较其免疫表型和生化功能,认为该位点的磷酸化状态决定了OsCIE1能否继续有效发挥E3泛素连接酶功能。当OsCERK1受到病原信号刺激后,OsCIE1的Ser237被磷酸化,OsCIE1对OsCERK1的抑制作用随之减弱。

由此,Figure 3建立了一套双向调控关系:在正常状态下,OsCIE1通过泛素化限制OsCERK1;病原菌侵染后,OsCERK1被激活,并进一步通过磷酸化OsCIE1解除后者的抑制。这相当于植物在真正遭遇病原菌时主动“松开刹车”,使OsCERK1介导的免疫信号能够迅速放大。

Figure 4:从Ser237磷酸化解释“免疫刹车”如何被解除


Figure 4进一步从结构和生化层面解释Ser237磷酸化为什么能够影响OsCIE1功能。研究人员解析了OsCIE1 U-box结构域与E2泛素结合酶OsUBC8形成的复合物,并结合结构分析和NMR实验研究Ser237附近区域发生变化后对OsCIE1功能的影响。

结果显示,Ser237位于OsCIE1 U-box的重要功能区域。当该位点发生磷酸化后,OsCIE1局部结构和与E2泛素结合酶相互作用的状态受到影响,最终降低OsCIE1的E3泛素连接酶活性。这样一来,OsCIE1就不能继续高效促进OsCERK1泛素化,原本施加在OsCERK1上的抑制作用被解除。

至此,论文形成了一条完整的调控链:没有病原菌时,OsCIE1促进OsCERK1泛素化并抑制其激酶活性,使免疫系统保持相对安静;病原菌侵染后,几丁质信号激活OsCERK1,活化的OsCERK1进一步磷酸化OsCIE1的Ser237,使OsCIE1的E3活性下降;OsCERK1受到的泛素化抑制随之减弱,免疫信号被迅速放大。正因为这一机制同时包含遗传学、生化和结构生物学证据,论文发表时形成了一个非常完整的“免疫刹车—解除刹车”模型。

争议出现:论文中的部分图片和数据受到质疑

论文发表两年后,部分实验图片和数据开始受到公开质疑。其中受到关注的包括Western blot、放射自显影以及水稻病害表型等实验图片。有质疑者根据公开发表的图片指出,部分区域可能存在背景不连续、不同实验组图片局部特征相似等现象,并据此提出是否存在图片拼接或者重复使用的问题。

这里需要区分“图片存在疑点”和“已经证实造假”两个概念。仅仅根据论文中的压缩图片发现背景变化或者局部相似,并不足以单独证明科研造假。Western blot是否存在不当拼接、两个表型材料是否来自同一张原始照片,最终都需要回到未经处理的原始图片、实验记录以及文件生成时间等材料进行核查。因此,在正式调查结果公布之前,更准确的表述是这些图片的完整性受到了质疑,而不是直接将所有异常定义为人为造假。

但是,这场争议随后出现了更加关键的变化。根据通讯作者团队公开回应,在获悉相关质疑后,团队对论文数据进行了核查,并确认论文中确实存在问题数据。更加严重的是,在进一步追溯过程中,部分发表数据已经无法找到对应的原始数据。团队随后将相关情况报告所在机构,并启动进一步调查。

部分原始数据缺失,为什么问题如此严重?

原始数据是判断一项实验是否真实、是否经过适当处理以及能否重复核验的基础。以Western blot为例,论文中最终展示的往往只是经过裁剪和排版后的部分泳道,真正核查数据完整性时需要查看原始膜图。如果怀疑两个泳道来自不同实验,只有原始图片才能判断它们最初是否位于同一张膜上、是否进行过拼接以及是否对应正确的实验组。

水稻病害表型也是同样的道理。如果两个实验组中的叶片高度相似,需要回到原始照片确认它们是否为不同植株、拍摄时间是否一致、实验编号是什么,以及是否在图片整理过程中发生误用。如果相应的原始数据已经无法找到,那么即使后来重新实验得到相同趋势,也无法重新证明原论文中那张图片本身的来源和真实性。

这也是科研论文中“原始数据可追溯性”如此重要的原因。发表论文实际上不仅是在公布一个结论,同时也是在公开一条证据链。读者相信“OsCIE1影响ROS”“Ser237影响抗病性”或者“某个突变改变蛋白活性”,依赖的是论文中展示的具体实验数据。如果支撑其中部分结论的数据无法追溯,那么原论文作为一份完整科学记录的可靠性就会受到影响。

团队重新做了实验,而且结果仍然支持原结论

在发现数据问题以后,研究团队并没有只进行图片核查,还重新开展了部分实验。根据公开回应,团队独立重复了Extended Data Fig. 4f、9f和10l涉及的ROS实验,以及Extended Data Fig. 1a、1d、3c、7b和9c涉及的qPCR实验,并表示重新获得的结果仍然支持论文的主要结论。

这就产生了一个看似矛盾的情况:如果重新做实验仍然能够得到类似结果,原论文为什么还需要撤回?实际上,“科学结论能否被重复”和“已经发表的数据是否可靠”是两个不同的问题。重新实验能够回答OsCIE1—OsCERK1这一调控机制是否可能真实存在,却不能自动证明两年前论文中展示的每一张图片和每一个数据点都是可靠的。

例如,重新进行一次ROS实验再次发现突变体ROS升高,只能说明这一生物学现象具有可重复性,但不能说明原论文中的那组ROS数据就一定来自论文标注的实验。如果原始数据已经无法找到,那么原来的数据仍然无法接受独立核验。因此,新的实验结果可以重新支持科学假说,却无法替代原论文已经缺失的原始记录。

为什么最终选择申请撤稿?

根据通讯作者公开回应,研究团队在核查数据问题后,于2026年8月3日主动联系Nature申请撤回论文,并称8月20日关于主动撤稿的决定已经作出。团队同时表示,重新进行的部分实验仍然支持论文的主要结论。这意味着此次申请撤稿的核心问题,并不简单等同于“整个OsCIE1—OsCERK1机制已经被证明错误”,而是原论文中存在无法忽视的数据可靠性和可追溯性问题。

对于一篇机制研究而言,结论并不是独立存在的,而是由一系列实验共同支撑。从OsCIE1与OsCERK1相互作用,到OsCIE1促进OsCERK1泛素化,再到Ser237磷酸化解除抑制以及最终产生抗病表型,每一个环节都需要相应实验数据支持。如果其中部分关键数据无法追溯,那么即使最终提出的模型可能正确,原论文的证据链仍然存在缺口。

截至2026年10月2日,Nature原论文网页仍显示为Article,尚未在公开页面检索到正式的Retraction Note。因此,目前更加准确的表述是:通讯作者团队已经确认论文存在问题数据,并公开表示已主动向Nature申请撤稿、撤稿决定已经作出;最终正式撤稿理由及Nature的具体表述,仍需以期刊公开的Retraction Note为准。

现任福建农林大学教授,但论文并非在福建农林大学完成

这件事情在传播过程中还有一个容易被忽略的问题。王钢目前任职于福建农林大学,但Nature论文发表时,王钢的署名单位并不是福建农林大学,而是中国科学院分子植物科学卓越创新中心和新基石科学实验室。因此,将这篇论文直接称为“福建农林大学Nature论文”并不准确。

更加严谨的表述应该是“现任福建农林大学教授王钢作为共同第一作者的Nature论文申请撤稿”。这既能够说明作者目前的任职情况,也不会让读者误以为该项研究是在福建农林大学完成或者以福建农林大学为主要署名单位发表。

从这篇Nature论文,我们还能看到什么?

这场争议中最值得关注的,并不仅仅是一篇Nature论文是否撤回,而是它非常直观地展示了科研论文中“科学结论”和“科学证据”之间的关系。一项研究最终提出的机制可能是真的,后续实验甚至可能再次得到类似结果,但这并不能降低原始数据真实性和可追溯性的重要程度。

对于机制生物学研究来说,Western blot、qPCR、ROS检测、蛋白互作和病害表型并不是论文中的装饰图片,而是连接每一步机制推断的证据。如果这些数据中的一部分出现问题,尤其是已经无法找到相应原始记录,那么研究者就很难证明论文中展示的结果究竟来自哪一次实验、经过了怎样的处理,以及是否真正对应所标注的实验材料。

与此同时,目前公开信息仍不足以对所有问题作出最终性质认定。论文存在问题数据以及部分原始数据无法追溯,是团队公开回应中已经承认的重要问题;但这些问题究竟属于数据管理、图片处理错误,还是涉及更加严重的科研不端行为,仍应等待相关机构的正式调查结果。Nature正式Retraction Note如果后续上线,也将进一步明确期刊最终接受撤稿的具体理由以及各位作者对撤稿决定的态度。

因此,这篇论文从Nature正刊发表到申请撤稿所留下的一个重要提醒或许是:一篇论文真正需要经得起检验的,不只是最后那个漂亮的机制模型,还有构成这个模型的每一份原始数据。科学结论可以通过新的实验重新验证,但一旦原始科学记录失去可追溯性,就很难再用事后的结果完全补回。

论文信息:Wang G, Chen X, Yu C, et al. Release of a ubiquitin brake activates OsCERK1-triggered immunity in rice. Nature 629, 1158–1164 (2024). DOI: 10.1038/s41586-024-07418-9.

耿同学视频:https://t.bilibili.com/1252327427471835185?share_source=pc_native

(来源:网络版权属原作者 谨致谢意)

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