中山大学香港高等研究院院长徐某某回应Nature子刊论文的质疑？

近日，耿同学又质疑北中医前校长、现中山大学香港高等研究院院长徐某某的论文数据存在问题。

论文被质疑以后作为通讯的作者的徐某某在Pubpeer 进行了回复与解释，将数据存在异常的问题归结于从Prism文件转移到Excel电子表格 的过程中可能发生了错误，但质疑者并不满意这个回复。

徐某某能够亲自回复说明两点问题：第一他对论文被质疑的事情是知道的，第二，也检查了论文的数据问题，并做出了一些解释。

这倒是一个进步，因为对论文的质疑相当于学术的探讨，能够正面回复说明还是有进步的，至少体现了Pubpeer这个平台的作用。

当然了，是否存在学术不端问题，还得经过调查，查看原始数据等。不过，这事情又发生在中山大学，而之前已经有帽子人才康某某、邝某某被处理的先例，说明在那里学术不端不是孤例，感觉这篇论文也有点悬？

涉事论文为“Mitochondria-localised ZNFX1 functions as a dsRNA sensor to initiate antiviral responses through MAVS，Nature Cell Biology (2019) doi: 10.1038/s41556-019-0416-0，Yao Wang , Shaochun Yuan , Xin Jia , Yong Ge , Tao Ling , Meng Nie , Xihong Lan , Shangwu Chen , Anlong Xu。

该论文有三个共同第一作者，王某（博士后），元某某（教授）、贾某（副研究员）以及通讯作者徐某某。

论文的单位中山大学生命科学学院的生物防治国家重点实验室 与广东省药用功能基因重点实验室，和之前被通报处理的中山大学邝某某是一个单位。

徐某某1963年出生，曾担任中山大学副校长，北京中医药大学校长，帽子人才，现任中山大学香港高等研究院院长。

这篇论文在Pubpeer上有质疑的记录，论文的通讯作者徐某某也在Pubpeer对质疑进行了回复。具体的质疑与回复内容如下：

扩展数据图1b和1c之间的源数据存在显著异常。所有66个小数位数值在三个生物学重复中完全相同，尽管这些数据集来自完全独立的实验。在相同颜色的矩形内，扩展数据图1b和图1c中同一行数据的后两位小数完全相同。

在图7b的源数据中，可以观察到多个异常模式，这些模式存在于不同的处理条件和实验条件下。

值得注意的是，在IFNB1 Mda5 -/- 条件下，重复1的数值与IFIT1 Mda5 -/- 条件下重复1的数值在加上100后完全匹配（以黄色背景高亮显示）。

此外，IFNB1 Mda5 -/- 条件下重复2的单位和小数位数与IFIT1 Mda5 -/- 条件下重复2的单位和小数位数完全相同（以蓝色背景高亮显示，例如117.0412771和167.0412771这两个数值具有相同的0.0412771的小数部分）。在IFNB1和IFIT1的WT和Rig-i -/- 条件下，某些数值也观察到了类似的模式（也以蓝色高亮显示）。

此外，IFNB1 Mda5 -/- 条件下重复3的单位与IFIT1 Mda5 -/- 条件下重复3的单位相同（以绿色背景高亮显示）。其小数部分也高度相似（例如130.2638262和180.2638226共享序列2638262，仅略微重排）。

论文被质疑以后，通讯作者徐某某直接在Pubpeer进行了回复，内容如下：

作为通讯作者，我想在此澄清整体背景。收到这些评论后，我们重新检查了相关的源数据表格及相应的统计比较。基于此重新检查，我们想作出以下几点说明。

首先，在稿件被原则性接收后，我们被要求在相对较短的时间内准备并上传补充材料和源数据文件。这一最终文件准备阶段需要将大量定量数值整理到提交的Excel源数据表格中。

其次，在此过程中，多个定量条目是从Prism文件中手动转录和整合到所提交的Excel文件中的。经过重新检查，所高亮显示的模式似乎反映了在数据转移、复制粘贴处理及最终源数据整合过程中无意间引入的表格录入问题。我们本应在检查最终提交文件时更加谨慎，并对这些条目造成的混淆表示歉意。

第三，在审查了受影响的条目后，我们确认用于已发表柱状图及相应统计分析中的定量数值与论文中展示的结果保持一致。我们相信我们的数据是可重复的，结论是可靠的。
为了更具体地回应这两条评论，第一作者提供了以下解释。

对评论：扩展数据图1b和1c / 流式细胞术siRNA筛选
我感谢评论者对扩展数据图1b和1c的源数据进行仔细检查，并给我们机会澄清这些数据的整理过程。扩展数据图1b和1c来源于一项基于siRNA的流式细胞术筛选，旨在识别用于后续研究的候选基因。筛选的基因包括VSV感染后上调超过3倍的基因，如FFAR2、ZEB2、TIPARP、PTGS2、CMPK2、ZNFX1和CSRNP1，以及RNA解旋酶超家族1基因，包括DNA2、HELZ、IBP160、IGHMBP2、MOV10、HELZ2、SEXT、UPF1、ZNFX1、HELB、PIF1、LBA1和HFBH1。在准备最终源数据文件时，定量值从Prism文件转移到了提交的Excel文件中。在此过程中，一些条目在复制粘贴处理和表格整合过程中无意中受到了影响。

总体而言，从该候选基因库中选择目标基因进行后续功能和机制研究，保留了其科学价值和意义。我们对这些表格录入问题未能在出版过程中被发现表示遗憾，并感谢有机会澄清这一点。

对评论：图7b / qPCR检测IFNB1和IFIT1表达
我也感谢评论者指出图7b的源数据中数值的相似性，并促使我们重新检查该源数据表格。图7b报告了在WT、Rig-i⁻/⁻、Mda5⁻/⁻和Mavs⁻/⁻细胞中Ifnb1和Ifit1表达的qPCR检测结果。在准备最终源数据文件时，定量qPCR值从Prism文件转移到了提交的Excel文件中。在此过程中，一些条目在复制粘贴处理和源数据整合过程中无意中受到了影响。
该图应与图7中的其他实验结合解读，包括图7a中的过表达实验、图7c中的病毒RNA载量分析、图7d,e中的VSV复制实验，以及图7f中的RNA测序数据。这些独立的实验共同支持了论文中所呈现的生物学解释。我们对这些源数据表格录入问题造成的混淆表示歉意，并感谢评论者对已发表数据的仔细阅读。

当然，通讯作者徐某某回复以后质疑者对回复并不感到满意，见下面的截图。

质疑者认为作者将这些模式归因于“复制粘贴处理和源数据整合”。然而，作者并未提供原始的Prism文件、更正后的源数据文件、审计跟踪记录，以及数据整合过程的详细重建说明。因此，读者无法评估所观察到的异常情况是否符合简单的笔误，还是反映了数据来源方面更根本的问题。