浙江
2026年9月11日， 复旦大学冯会娟/卢建忠/ 上海交通大学冯智星团队完成了题为《RAISE quantifies RNA binding protein activity via transcriptomic profiling》的研究。他们开发了RAISE计算框架，整合CLIP-seq、序列基序和RNA-seq剪接变化，推断RNA结合蛋白靶标并量化其活性。
研究团队在ENCODE的HepG2和K562细胞中为93个RBP识别靶标，他们用概率模型联合CLIP-seq峰、序列基序和敲低后的ΔPSI，并通过EM算法给出每个外显子受调控的后验概率。多数RBP调控约100个靶外显子，中位数为110，U2AF1和U2AF2分别有669和657个靶标。超过60%的靶外显子只受一个RBP调控，网络高度稀疏，约1.9%的RBP-exon对存在连接，RBP的Gini系数为0.47，前5%的RBP贡献约19%的边。
他们发现SR蛋白主要促进外显子包含，HNRNP家族更常抑制外显子包含，SRSF1、SRSF7和SRSF9的激活靶标可达抑制靶标的五倍。位置分析显示HNRNP偏好内含子结合，SR蛋白偏好外显子结合，U2AF1和U2AF2倾向内含子，QKI和RBFOX2常结合下游内含子。QKI靶标中，上游内含子基序倾向抑制，下游内含子基序促进包含，60-100 bp处更明显。RT-PCR验证了RBFOX2敲低后MYL6 exon 6、FN1 exon 25和ECT2 exon 5的剪接变化。
在独立扰动数据中，25个RBP敲低实验有24个显示被扰动RBP活性为负，12个成为IQR离群值。与KATMAP、MRAS和SFPointer比较，RAISE在Top-1、Top-3、Top-5和Top-10%排名中表现更好。RAISE还能发现表达不变的活性变化，如RBFOX2被寡核苷酸抑制、SRPK1敲低影响SRSF1/7/9、PTBP1 C23S突变降低活性、SF3B2敲低降低SF3B4活性。
应用TCGA 24种癌症，PTBP1、NCBP2、QKI和RBFOX2在多种癌症中活性改变，PTBP1在11/24种癌症中排名第一，并且高表达与部分癌症不良预后相关。ILF3在肾嫌色细胞癌中活性最高，表达随分期升高，高表达与较差生存相关。RAISEDB数据库收录93个RBP的预测靶标，可搜索RBP、靶基因或二者组合。
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