陕西
近日，中国水稻研究所水稻生物育种全国重点实验室张健研究员团队、鄂志国副研究员团队和华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室、湖北洪山实验室张建伟教授团队在bioRXiv网站以预印本的形式发表了题为Port of Protein-Protein Interactomes: An experiment-based protein-protein interactome database for rice的研究论文，创建的基于实验验证的可检索蛋白互作数据库-Port of Protein-Protein Interactomes（POPPIN）对公众试运行并征集建议（邮箱：poppin_web@163.com）。POPPIN收录超过150,451个水稻-水稻和水稻-拟南芥的蛋白互作信息，而且整合了蛋白功能注释，为水稻功能基因的研究提供了强有力的工具和信息平台。
数据库核心内容：POPPIN数据库基于高通量蛋白互作筛选技术-BIP-seq（Advanced Science, 2025: e2416243）和TDOP-seq （J Integr Plant Biol, 2026, 68:294-296）以及text mining方法，鉴定、挖掘到包含150,451个蛋白互作信息的水稻以及水稻-拟南芥跨物种的蛋白互作网络（图1）。
图1 POPPIN数据库包含的数据类型
数据库使用指南：
POPPIN数据库包含集检索、可视化与分析于一体的网站页面。
1.检索功能：基础搜索和高级搜索
基础搜索：POPPIN的主页显示一个基础的搜索框，方便用户通过在搜索框中输入基因的ID或者蛋白名字以查询种内（水稻 vs 水稻）和跨物种（水稻 vs 拟南芥）互作组（图2）。POPPIN可接受SAPK10，OsSAPK10，LOC_Os03g41460 (MSU ID)和Os03g0610900 (RAP ID) 等多种输入名称格式。
图2 数据搜索
高级搜索：在高级搜索页面支持用户使用蛋白的ID或者蛋白名字在种内（水稻 vs 水稻）或跨物种（水稻 vs 拟南芥）互作组中进行查询。该界面允许通过自定义“互作层级”（层级从 1 到 3）并选择特定的“数据类型”（包括酵母双杂交、细菌双杂交、文本挖掘、不互作的组合和自激活信息数据集）来进行过滤筛选（图3）。
图3 高级搜索形式
2.结果呈现和数据下载
互作网络图的可视化和结果下载：不同的边的颜色和样式直观地展示了不同的互作证据类型。点击特定的节点或边将在右侧显示“节点详情”面板；展示多维度注释（例如 RAP ID、亚细胞定位和保守结构域）。顶部工具栏允许用户自定义节点标签，并将网络图导出为 PNG 图像或 CSV 文件（图4）。
互作组合详细信息表格：搜索互作信息以详细的表格格式系统地呈现，总结了互作蛋白ID、蛋白注释、Trait Ontology（TO）和domain信息。其中，TO信息能提供互作蛋白可能涉及的表型信息，为后续蛋白功能研究提供线索。蛋白名称和注释均与外部数据库（如 MSU、Rice Data、RAP-DB、RGI、NCBI 和 Bing）进行链接（图4）。
图4 结果呈现和数据下载
3.POPPIN数据库工具
POPPIN数据库的BLAST工具（图5）：
图5 Blast搜索和结果呈现页面
POPPIN数据库的多维度注释工具（图6）：
图6亚细胞定位和3D结构的搜索与结果呈现页面
使用过程中若有相关建议，请发邮件至：
poppin_web@163.com
https://doi.org/10.64898/2026.08.16.744343
POPPIN数据库：
https://riceome.hzau.edu.cn/poppin/
特别声明：以上内容(如有图片或视频亦包括在内)为自媒体平台“网易号”用户上传并发布，本平台仅提供信息存储服务。
Notice: The content above (including the pictures and videos if any) is uploaded and posted by a user of NetEase Hao, which is a social media platform and only provides information storage services.
